В изучении Байкала ученым помогают специальным плавсредства — научно-исследовательские суда, кратко НИС.
Самый большой флот у Лимнологического института СО РАН — четыре исследовательских суда различного водоизмещения.
Ученые ЛИНа изучают Байкал на таких судах, как:
НИС «Титов» 1961 года постройки
НИС «Г.Ю. Верещагин» 1963 года постройки
НИС «Академик Коптюг» 1975 года постройки
НИС «Папанин»1986 года постройки
Все НИСы оборудованы специальными инструментами для сбора донных отложений, воды и организмов.
Один НИС имеет Иркутский государственный университет. Это судно «М.М. Кожов» 1982 года постройки. НИС участвует в научных экспедициях российских и международных проектов. Сотрудники ИГУ берут пробы для биомониторинга фито и зоопланктона.
Иркутское управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды имеет в своём распоряжении НИС «Профессор Вознесенский» 2014 года постройки. Корабль создан для исследований притоков озера, поверхностных вод и донных отложений. Также НИС используется для доставки продуктов и грузов на труднодоступные станции озера.
В 2024 году появится ещё одно научно-исследовательское судно под названием «Викентий Зайцев». Владелец — ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии». НИС предназначен для ихтиологических и гидробиологических исследований на озере. Судно будет базироваться в порту «Байкал»